吴云东，1957年5月生，男，汉族，江苏溧阳人。1982年和1986年先后获得兰州大学化学学士学位和匹兹堡大学化学博士学位。之后在加州大学洛杉矶分校和德国埃朗根大学从事研究工作。1992年到香港科技大学化学系任教，并于2001年升为教授。2005年当选为中国科学院化学部院士。现任北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院教授。
吴云东主要从事理论与计算有机化学的研究，他的研究跨越有机化学、生物化学、材料科学及药物设计等多个领域，主要研究领域为金属有机催化及不对称合成，多肽及蛋白质的二级和三级结构，基于多肽的药物设计，以及发展有效的计算方法用来研究蛋白质结构及蛋白质与蛋白质相互作用, 并在此基础上进行抗癌症, 抗病毒, 及抗老年痴呆症等的药物设计。至今已在主流化学刊物上发表论文近一百七十篇（已被SCI 库收录165 篇），其中六十多篇发表在Science,PNAS,Acc.Chem.Res.,JACS和Angew.Chem.。论文他引五千八百多次,H-index=44。吴云东曾67 次在国际和国内学术会议上作邀请报告或大会报告，亦被邀请在世界70 多所知名大学和研究所作了80场学术报告。
自1999年以来吴云东担任世界理论与计算化学家协会理事会理事，也是亚太理论与计算化学家协会的共同发起人之一，同时担任包括Acc. Chem. Res. 等多个国际和国内专业学术刊物的顾问编委，编委或副主编。